Ao final da série Headmaster, o planeta passou muito tempo sem Transformers, até o retorno de um Grupo de Pretenders Decepticons.

O grupo Decepticon foi perseguido até a Terra durante a Era de Pedra por um grupo de Autobots liderados por Metalhawk. Quando as naves cairam, todos os robôs usaram seus poderes Pretender para adotar novos disfarces.
Metalhawk e os outros Autobots tomaram a forma de humanos e passaram a viver como tal, guiando a evolução da cultura e sociedade.
Enquanto isso os Decepticons tomaram formas monstruosas que atormentam os humanos e ficaram conhecidos como demônios. Eventualmente os Autobots derrotam os Decepticons e os selam, mas no início da série eles são libertados por uma criatura alienígena de energia, o Devil Z, que os usa em seus planos.

Com o retorno dos vilões, os Autobots são forçados a desistir de seus disfarces e tomar armas novamente, com a ajuda de três crianças humanas (Shūta Gō, Cab e Minerva) que são agraciados com o poder do Masterforce, que permite com que se unam a três Transtectors (Corpos robóticos) enviados a Terra do planeta Master. Os Decepticons recrutam seus próprios Headmaster Junior e a batalha na Terra continua, até que o planos de Devil Z se revele, com a chegada de Mega, Giga, Buster e Hydra, os Godmasters (Armas super-poderosas, que surgem da união de humanos e transformers).

Com a balança de poder pendendo para o lado Decepticon, os Autobots são obrigados a buscar seus próprios Godmasters, encontrados após se juntarem ao jovem Ginrai, que logo recruta mais três Godmasters.

Devil Z, sentindo o fracasso, chama BlackZarak, o novo líder Decepticon, para a Terra. Mas Grand Maximus, ao descobrir o plano de Devil Z corre até a Terra para avisar os Autobots, que criam o Godbomber, um drone que serve como upgrade para Ginrai, permitindo sua transformação em God Ginrai e lutar no espaço, onde derrota BlackZarak.

Os Autobots sofrem uma grave perda quando descobrem que um dos Godmasters, Doubleclouder, é na verdade um espião Decepticon que usa suas habilidades para se infiltrar entre os Autobots e destruir sua base, o que os deixa em absurda desvantagem quando BlackZarak retorna e se une a Devil Z para destruir a humanidade.

Durante a batalha vários personagens perdem seus traços humanos, mudam suas alianças e se preparam para a batalha final, um duelo entre God Ginrai e BlackZarak, onde o jovem Autobot deve vencer seu oponente ou ver a Terra ser destruída.

Abertura da Série:

Lista de Episódios
1. Rise Up!! Pretenders
2. Terror! The Decepticons’ Manhunt
3. Kidnapping!? The Targeted Jumbo Jet
4. Birth! Headmaster Jrs
5. Rage!! Little Devils with No Need for Rules
6. Go, Goshooter – Showdown in the Wasteland
7. Panic! Protect the Wild Animals!!
8. Super Warriors – The Godmaster Brothers
9. A Fierce Battle!! The Autobots Are in Trouble
10. A Hero Is Chosen – His Name Is Ginrai
11. Ginrai: God On of Rage!!
12. A Strange Friendship: Cancer and Minerva
13. Friend or Foe!? The True Form of the Monster!!
14. Eliminate the Godmaster Ginrai
15. Heroism!! The Birth of Super Ginrai
16. Lightfoot: A Dramatic Encounter
17. An Enemy? The Third Godmaster, Ranger
18. A Powerful Foe!! Sixknight the Wanderer
19. At Full Strength! The Four Godmaster Gunmen
20. The Autobot Warrior, Sixknight?!
21. Save the Little Girl! The Chōjin Warriors, the Godmasters
22. Life? Death? Lightfoot Must Choose
23. Expose the Decepticons’ Dark Deception!
24. Super Ginrai Gets Blown Away in the Desert!?
25. Will the Bomber Project Be Destroyed!?
26. God Ginrai – Into the Sky!!
27. God Ginrai – Showdown on the Surface of the Moon
28. Overlord – Terror of the Chōkon Tornado
29. Escape!! The Underwater Volcano Erupts
30. Destroy Godbomber!!
31. Appearance!! The Final Godmaster
32. Secret Orders! Destroy the Autobot Base!!
33. Disaster! The Autobot Base Explodes
34. BlackZarak – Destroyer from Space
35. Crisis! The Day of the Downfall of Humanity
36. God Ginrai – Save Cancer!?
37. God Ginrai: Showdown at the Decepticon Base
38. The Ultimate Combination!! BlackZarak, the New Lifeform
39. Battle to the Death!! God Ginrai VS Darkwings Reborn
40. Autobots! Desperate Attack!!
41. Malevolent and Inhuman! The True Form of Devil Z
42. A Battle… and Then…
43. Fight! Super Ginrai
44. Begin the Bomber Project! The Creation of God Ginrai
45. The Secret of Godbomber!
46. Great Turn-Around! Autobot Warriors!
47. You Too Use the Masterforce to Transform